La enseñanza pública en San Juan del Puerto tiene su origen en el S.XV, cuando al fundarse la villa, los regidores del municipio contratan al primer maestro, que instala la escuela en su misma casa, impartiendo clase sólo a ni ños/as pequeños/as y posteriormente, de pago, a aquellos mayores cuyos padres querían dedicarlos a los estudios.
En el S.XVII, gracias al legado del indiano sanjuanero Diego Rodríguez Estrada, se fundó en el pueblo una Cátedra de Gramática con dos secciones, una de pequeños y otra de mayores, que se impartía en la ermita de Consolación, siendo el catedrático un profesor de gramática, normalmente clérigo.
Esta institución pervivió hasta mediados del S.XIX en la que tras la desamortización, se incautaron sus bienes.
Durante el S.XX la enseñanza pública en San Juan se impartió en domicilios particulares habilitados al efecto, con niños y niñas separados.
El primer grupo escolar que tuvo el pueblo se denominó San Sebastián, en el barrio del mismo nombre, con seis unidades de primaria. Sucesivas inundaciones dejaron obsoleto el Centro y las casas de los maestros/as que lo atendían.
En 1966 se crea el Colegio Parroquial San Juan Bautista que atendía infantil y primaria y que continúa en la actualidad en nuevas instalaciones. Es privado concertado.
No es hasta 1976 cuando se crea en el pueblo el Colegio Público de 12 unidades, llamado “Alcalde Juan José Rebollo”, en recuerdo del primer mandatario municipal que gestionó la realización del mismo. Fue su primer director D. Antonio Delgado Carrasco.
Con el paso de los años y el aumento de la natalidad, el C.E.I.P. “Alcalde Juan José Rebollo”, fue incrementando sus aulas y prestaciones hasta tener una plantilla de 37 profesores/as.
El centro docente se encuentra ubicado en el sector sur del casco urbano, entre la calle Miramar y el parque V Centenario, ocupando una amplia parcela del terreno que antaño fue campo de deportes, concretamente el campo de fútbol Miramar.
Cuenta con tres edificios remodelados. En el principal están todas la clases de primaria, servicios administrativos, comedor, biblioteca y gimnasio. En los edificios anexos, diferentes clases de infantil.
A partir del curso 2009/10, el alumnado de este centro se ha dividido, creándose el nuevo centro C.E.I.P “Marismas del Tinto”, en el sector noreste de la población.